Agencija za vodne putove je javna ustanova, i to neprofitna pravna osoba s pravima i obvezama utvrđenim Zakonom o plovidbi i lukama unutarnjih voda ("Narodne novine" br: 109/2007 i 132/2007) i Uredbom o upravljanju i vođenju poslova Agencije za vodne putove ("Narodne novine" br: 58/2008).

Djelatnost Agencije obuhvaća sljedeće:

• izradu prijedloga plana srednjoročnog razvitka vodnih putova,
• gradnju, tehničko unapređenje i prometno-tehnološku modernizaciju vodnih putova,
• tehničko održavanje vodnih putova,
• osposobljavanje vodnih putova i objekata sigurnosti plovidbe onesposobljenih zbog elementarnih nepogoda,
• osiguravanje funkcionalnosti Riječnih informacijskih servisa,
• kontrolu i nadzor stanja plovnog puta.